Роль фагов можно сравнить с пастухами-селекционерами микромира. Они влияют на поведение бактерий, обеспечивают их генетическое разнообразие, иногда помогают и защищают.
Несмотря на крошечные размеры, бактериофаги — самые многочисленные существа на планете с популяцией 10³¹. Каждую секунду они заражают до 10²⁵ микроорганизмов и вместе с вирусами эукариотов формируют глобальную систему переноса генетической информации, а также косвенно влияют на всех живых существ на Земле. Хотя экология фагов — сравнительно молодая наука с множеством белых пятен, открытия последних лет несут огромную пользу и для молекулярной биологии, и для фаготерапии, и для многих других сфер.
Изучение того, как бактериофаги сосуществуют с бактериями на протяжении миллионов лет, позволяет говорить, что их отношения не всегда враждебные. Часто они не вписываются в понятие «гонки вооружений». Более того, и фаги, и бактерии умеют «переговариваться» и координировать свои действия благодаря quorum sensing.
Так, некоторые виды фагов, которым свойственно лизогенное поведение, встраивают ДНК в хромосому бактерии и могут находиться в «спящем» состоянии, копируя себя при каждом делении клетки. В этом случае их отношения скорее симбиотические — нередко фаги наделяют микроорганизмы новыми свойствами и защищают от нового инфицирования.